Обновление Java для OS X содержит баг
Обновление Java, выпущенное Apple на прошлой неделе и доступное через «Обновление ПО», содержало ошибку, которая могла аварийно завершать некоторые работающие на Java приложения. Apple быстро исправила баг и выпустила новое обновление. Но если вы успели установить предыдущее обновление до выхода исправлений, то, скорее всего, именно оно у вас и осталось.

Запустите снова «Обновление ПО» и затем наберите в терминале следующую команду для проверки установленной версии:
/usr/libexec/java_home -v 1.6 -exec java -version
Если вы увидите xM4509, все нормально, если же xM4508, то обновления не произошло, и вам придется вручную установить его с сайта поддержки Apple.